乳酸菌は生きたまま腸に届いた方が、より効果を発揮できます。そのため胃酸の分泌が少ない状態の方が生きたまま腸に届く確率が増えます。
なぜなら、いくら体に良い菌と言っても体にとっては外敵です。まずそれらの菌は胃酸や腸のバリア機能によって死活化されます。
ですから胃酸の分泌が少ない食後にヨーグルトを食べた方が生きたまま腸に届く確率が増えるというわけです。

ヨーグルトの中の乳酸菌やビフィズス菌は４０度くらいで最も活性化します。しかし５０度を超えると逆に弱まりそれ以上になると死んでしまいます。そのため５００ワットの電子レンジで３０〜４０秒くらい温めることをお勧めします。

乳酸菌やビフィズス菌が腸に届くと善玉菌を増やして腸の調子が整います。では乳酸菌やビフィズス菌は何で増えるかというと、野菜や果物などの食物繊維によって増えます。
つまり乳酸菌やビフィズス菌が増えると善玉菌が増えます。乳酸菌やビフィズス菌を増やすには食物繊維が必要。だからこれらを一緒に摂ると一石二鳥ということになるのです。

ヨーグルトの乳酸菌やビフィズス菌と一括りで言っていますが、これらは数万種類はあると言われています。つまりヨーグルトは商品によって含まれる乳酸菌やビフィズス菌の種類が異なります。そのためどの種類の乳酸菌があなたの体に合うのかは食べてみないと分かりません。
ですからまずは２週間くらい食べてみて「お腹を下したり調子が悪くなる」「食べても全く体調の変化がない」のであれば、違うヨーグルトを試す。ということを繰り返してあなたに合うヨーグルトを探してください。あなたに合うヨーグルトを見つけるのは至難の技かもしれませんが。。

胃腸が弱い人・すぐに下痢をする人にはお勧めしません。東洋医学的にはヨーグルトは体を冷やす性質があると言われています。またドロドロしたものは胃腸に負担がかかりやすいとも言われます。

そしてヨーグルトは欧米人のような肉や乳製品を多く食べてきた民族の発酵食品として親しまれてきました。つまり肉やミルクを消化する酵素が出やすい性質の人にとっては簡単に消化することができます。ですが、古来から農耕民族である日本人にとっては、消化に向かない食べ物なのです。

では日本人にとってヨーグルトに代わる食べ物はないのか？そんなことはありません。醤油や味噌、漬物には乳酸菌やビフィズス菌が豊富に含まれています。ですからわざわざ日本人にとって消化しにくいヨーグルトを食べるよりも古来から日本にある醤油や味噌や漬物から乳酸菌やビフィズス菌を摂ることの方が体に合っていると思います。

１乳酸菌は胃酸に弱い
先ほども述べたように生きたままの乳酸菌でも胃を通過する際に胃酸によってほとんどは死活化されます。研究では死んだ菌でも整腸作用はあると言われますが、やはりその効果は弱まってしまいます。

２カゼインタンパク質は人に合っていない
ヨーグルトのカゼインタンパク質は人の母乳には含まれません。そのため人の体にはとても消化のしにくいタンパク質と言われます。栄養療法を施す際には他の栄養の吸収を阻害するためまずはカゼインフリーやグルテンフリーは必須作業になります。

３カルシウム・マグネシウムバランスが悪い
カルシウムとマグネシウムのバランスは２：１が理想と言われます。ですが牛乳やヨーグルトは１０：１と言われます。つまりカルシウムの量が多すぎるのです。現代人はマグネシウムの摂取量が少ないことでさまざまな問題が引き起こされていると言われています。そしてカルシウムの量が多いことで体内のカルシウムが一緒に排泄されて逆に骨粗鬆症の原因になるとも言われます。ですから乳製品を食べるときは余計にマグネシウムを摂ることを心がけてください。

４各種のホルモンの問題
成長ホルモンや性ホルモン（特に妊娠中の牛から搾乳することで女性ホルモンのエストロゲン）の大量摂取につながることで、乳がんなどのがんの危険因子のさらされる。