糖質には通常1gあたり4kcalのエネルギーがありますが、「オリゴ糖」は人の腸ではそのまま消化・吸収できない「難消化性糖質」であるため、比較的低カロリーであることが分かっています。かつてはノンカロリーといわれていましたが、近年の研究によってオリゴ糖は大腸で腸内細菌に代謝され「短鎖脂肪酸」となり大腸から吸収され、エネルギー源になることが明らかになりました。「短鎖脂肪酸」として吸収された場合、そのエネルギー量は、糖質として吸収された場合より少ないようです。腸内細菌叢や他の食事内容にも影響を受けるため、まだ全てのオリゴ糖に対して明確な値は算出されていませんが、例えば主にビート（砂糖大根）から分離精製して得られる天然のオリゴ糖であるラフィノースは1gあたり2kcalとされています。
また難消化性であることから血糖値を急激に上げないため太りにくいといえます。

たくさん食べても太らないというわけではありませんが、甘さを感じるのに砂糖よりも低カロリーなので、置き換えて活用するとダイエットに使える甘味料になります。

「ビフィズス菌」は腸内環境を整える働きがある善玉菌として広く知られていますが、このビフィズス菌を増やすための良きパートナーこそがオリゴ糖です。食物繊維と一緒に乳酸菌の餌になって善玉菌が優位になるように働いてくれます。そのため便秘改善やアレルギーの改善に効果があると言われています。

オリゴ糖は消化酵素でほとんど分解されずに消化吸収されずに直接台帳に届くと言われます。そのため糖としてではなく脂肪酸として吸収されるので血糖値を上げません。そのため糖尿病の予防にもオリゴ糖は使われます。

オリゴ糖は甘味がありますが、虫歯菌のエサになりにくいと言われています。